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健康大數據中心在Nucleic Acids Research發表非編碼RNA相互作用數據庫NPInter v4.0
2019-11-01 | 【     】【打印】【關閉

  非編碼RNA對生物分子的調控作用,一直是RNA功能研究的前沿。在以往的研究中,非編碼RNA被發現可以和蛋白質、RNA以及基因組相互作用,調控復雜生物過程。比如經典的長非編碼RNA Xist可以和X染色體相互作用并影響劑量補償效應。理解非編碼RNA和生物分子的相互作用對于研究非編碼RNA的功能以及生物分子調控網絡的構建是非常重要的。

  2019年10月31日,Nucleic Acids Research在線發表了中科院生物物理所健康大數據研究中心題目為“NPInter v4.0: An integrated database of ncRNA interactions”的論文,發布了最新版的NPInter(NPInter v4.0)。該數據庫系統地收錄了絕大多數種類非編碼RNA的相互作用,并對相互作用以及相關分子進行了詳細的注釋以及可視化,提供了一個全面、系統的非編碼RNA相互作用的研究平臺。

  陳潤生院士課題組于2006年發布了NPInter數據庫的第一個版本(Nucleic Acids Research),在過去的十多年中,該數據庫一直獲得業內的廣泛認可,被RNAcentral收錄為專家數據庫。迄今為止,已經更新過三個版本。此次的v4.0更新,整合了近幾年來發表的非編碼RNA相互作用文獻以及高通量RNA相互作用測序數據,環狀RNA(circRNA)的相互作用和ChIRP-seq獲得的非編碼RNA-基因組的相互作用首次被收錄進來。總數據量上升到11萬條,涵蓋了35個物種。相互作用以及作用分子還增加了疾病注釋,旨在幫助研究者更好地理解相互作用的功能。除了整合數據之外,整個數據庫的網站也進行了重新構建,提高了原有搜索模塊的易用性,并增加了很多新的功能性模塊如biocircos.js。網站收錄整理了大量具有特定功能的基因集合,并提供了基于這些基因集合的個性化搜索。所有的相互作用數據都可以在(http://bigdata.ibp.ac.cn/npinter4/download/)進行下載。

  NPInter的此次更新工作主要由中國科學院生物物理研究所健康大數據研究中心(http://bigdata.ibp.ac.cn)完成。該研究中心于2015年5月成立,陳潤生院士任中心主任,何順民研究員任中心常務副主任。中心主要針對生物組學大數據進行整合挖掘分析研究,并輔以開發組學研究分析的新技術,力求打造圍繞國家精準醫學和重要戰略生物資源的組學數據存儲、應用和共享的公共技術支撐體系。經過近四年多的運行,中心發展迅速,已完成測序平臺、計算集群和數據存儲平臺、多組學生命數據分析平臺和數據共享平臺的建設。

  中國科學院生物物理研究所陳潤生院士、何順民研究員以及中國科學院計算技術研究所趙屹研究員為本文共同通訊作者。中國科學院生物物理研究所健康大數據研究中心滕學奕、陳曉敏和薛花為本文并列第一作者。該文章獲得國家自然科學基金[31701117, 31970647],國家重點研發項目[2016YFC0901702, 2017YFC0907503]的資助。

    文章鏈接:https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkz969/5610361?searchresult=1

    (供稿:陳潤生研究組)

 

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